In de 13e eeuw bezat de Clan van MacGregor enorm uitgestrekte grondgebieden. Ze hadden groot aanzien door hun heldhaftige en moedige daden. Echter, door een voortdurende strijd met de Campbell clan, moesten de MacGregors in de 15e eeuw, in opdracht van de koning, een aanzienlijk deel van hun grondgebied aan hen afstaan.

Gedurende de 16e, 17e en een groot gedeelte van de 18e eeuw werden de MacGregors vervolgd en vogelvrij verklaard. De problemen kwamen tot een hoogtepunt toen ze, gedreven door wanhoop en onrechtvaardigheid, deelnamen aan vele veldslagen. Het gevolg was dat een wet tegen hen werd opgesteld, waarbij een ieder een MacGregor kon vermoorden zonder daarvoor gestraft te worden. Bovendien kon men als beloning een stuk van het grondgebied krijgen.

Als beloning voor hun aandeel in de Engelse burgeroorlog tegen Cromwell werd de ban weer opgeheven om vervolgens een generatie later weer hersteld te worden door Willem van Oranje. Als reactie sloten de MacGregors zich aan in de opstand tegen de Stewarts in 1715, onder leiding van de moedige Rob Roy.

John Murray nam in 1795 de achternaam MacGregor weer aan, nadat die was gezuiverd. Vanaf dat moment werden hij en zijn nazaten erkend als leider van de Clan.